Разработка игры началась в 2001 году с создания компанией GSC движка X-Ray, который выдавал весьма качественное изображение и поддерживал почти все современные технологии на тот день. Анонс самой игры состоялся в конце того же года. Сюжет строился по концепции Звёздных врат с постройками ацтеков.Проект получил название «Oblivion Lost» (русск. Потерянное забвение). 
Однако, такая задумка показалась разработчикам вторичной, к тому требовала проработки множества виртуальных миров, что небольшой фирме было не по силам. Требовалась уникальная для игровой индустрии идея, и в марте 2002 году, после поездки компании GSC Game World в Чернобыльскую зону отчуждения, концепция игры полностью изменилась и стала напрямую относиться к ЧАЭС. Теперь она называлась «Stalker. Oblivion Lost», но очень быстро название было изменено на «S.T.A.L.K.E.R.: Oblivion Lost», так как до этого уже существовала игра «Stalker» и это затрудняло получение компанией GSC авторских прав на название своей игры. Был немного переработан движок, в частности, его графическая часть.Предварительно игру планировали выпустить в конце 2003 года.

Локация «Кордон» в билде 1154 
Первыми были разработаны две игровые территории. Первый — ранний вариант локации Кордон, ограниченный отвесными скалистими склонами, главной достопримечательностью которого являлся завод, позже вырезанный из финальной версии игры. Один из приближенных к GSC людей отметил, что моделировали локацию, ориентируясь на некоторые местности Крыма. Второй локацией стал НИИ «МедПрибор», который впоследствии был переработан в НИИ «АгроПром». 
В мае 2003 года появился издатель игры — компания THQ. По её рекомендации название изменили на окончательное, «S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl». Разработчики назвали первую более точную дату релиза — середина 2004 год. Но, в связи с переходом на новый рендер, игра в срок не вышла, и в июле 2004 года THQ официально объявила о первом переносе даты релиза на 2005-й год. В этот период были заложены основы будущей игры, появились локации ЧАЭС, Мёртвый город, Свалка, «Росток», Радар, Припять и Генераторы; смоделирована смена времени суток с динамичной погодой и система симуляции A-Life. К сентябрю 2004 года собирается практически полноценная игра: можно прогулятся по локациям, симуляция жизни работает в полную силу. Но главное достоинство игры стало её же бедой. Испытания сборки показали что симуляция жизни непредсказуема: 
Начались плейтесты и тут нас ожидает неприятный сюрприз. С одной стороны мы получили потрясающее ощущение живого мира. С другой стороны мы поняли, что игра, которая находится полностью под управления симуляции жизни без сюжетной последовательности событий не предсказуемая и не управляемая с точки зрения геймдизайна. Событий было то слишком много, потом долго могло ничего не происходить. Часто возникали ситуации, когда не ясно было куда идти и что дальше делать. Это был играбильный билд наиболее близкий к концепции freeplay. 
— Антон Большаков 
Разработчики осознали необходимость доработки игры, начал формироваться сюжет. 
В октябре 2004 года, в Киев к GSC приехали представители игрового журнала «Игромания» для записи так называемого «Финального отсчёта» который был направлен на продвижение игры. Было выпущено 5 сюжетов ФО и один про мутантов Зоны — «В мире мутантов», в виде пародии на телепередачу «В мире животных». Первый сюжет — вступительный, в нём разработчики рассказывали о проекте и компании в целом; второй сюжет был посвящён искусственному интеллекту игры — «A-life». В третьем — подробно рассказано о мультиплеерном (англ. multiplayer) режиме игры. Сюжет назывался «Counter-S.T.A.L.K.E.R.», что было отсылкой к известной игре Counter-Strike. Четвёртый выпуск ФО показывал первый квест, в котором игроку нужно было принести торговцу артефакт с завода на локации «Кордон». Пятая часть показывала новый изменённый и доработанный движок игры X-Ray и новый графический рендер, базировавшийся на DirectX 9.0. 
В феврале 2005 года GSC вновь, изменила дату релиза на неопределённый срок, сказав при этом — «When it’s done» (русск. "Когда будет готово"). Разработчики полностью погрузились в доработку и «усмирение» системы A-life. Кроме этого большие изменения произошли в геометрии уровней, полностью переработаны несколько локаций. В мае был детально проработан сюжет, оставшийся без изменений до самого релиза. К концу года игра была практически готова, присутсвовало множество фич позже вырезанных. Количиство ошибок вновь заставило перенести релиз. Проект затих и среди фанатов и обществ поползли слухи, что игра может и не выйти. 
В 2006 году началась последняя стадия разработки: оптимизация и бета тестирование. В марте было принято решение доработать Dx9, что несколько отодвинуло релиз. Было объявлено, что игра должна выйти в первом квартале 2007 года. Через несколько месяцев дата стала более конкретной — март 2007 года. Оставшиеся месяцы GSC тщательно дорабатывали игру и проверяли на наличие всевозможных багов и различных ошибок игры. Незадолго до релиза один из игровых сайтов опубликовал превью «S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl», где было отмечено, что из игры, цитата: «…пропали медлительные зомби и стаи крыс», но в целом проекту давалась позитивная оценка. Среди фанов проекта прокатилась волна тревоги по поводу исчезнувшего из игры, контента который был заявлен ранее, но ни каких комментарий от GSC не было. 
Незадолго до релиза, игра просочилась в Сеть — будучи опубликованной на одном из файлообменников, она быстро разошлась по Интернету и многие смогли поиграть уже за несколько дней до релиза, датой которого было 23 марта. THQ и GSC Game World активно пыталось перекрыть утечку, но было уже поздно. 
20 марта 2007 года игра была официально выпущена. Тут же был выпущен первым патч обновляющий игру с 1.0000 до версии 1.0001 и устраняющий множество багов и недочётов в игре. Последний патч обновляет её до версии 1.0006. 
Сборки игры 
Основная статья: Сборки игр серии S.T.A.L.K.E.R. 
В процессе разработки игры, компания GSC выполняла её тестовые сборки. Многие из них попали в сеть. 
Сюжет

Предыстория 
Действие происходит в альтернативной реальности, где 12 апреля 2006 года (тут есть противоречие — в самой игре приведена дата 12 апреля 2008, на официальном сайте — 12 апреля 2006 года, а в игре «Зов Припяти» указана дата 10 июня 2006 года) в 14:33 произошёл второй взрыв на территории печально известной Чернобыльской атомной электростанции. Этот взрыв ознаменовал появление так называемой «Зоны», места, внутри которого появляются разнообразные аномальные явления, например, разнонаправленные гравитационные потоки силой более 100g. Сама история второго взрыва на бывшей ЧАЭС окутана мраком, и, желая расследовать эту ситуацию, правительство Украины посылает в Чернобыль войска. Однако их действия заканчиваются провалом, территория Зоны была ограждена, на главных точках подхода были построены блокпосты. Зона стала крайне охраняемым объектом. 
Спустя некоторое время, с территории Зоны начинает приходить информация о мутировавших животных, о продуктах аномалий — так называемых артефактах («хабаре»), которые в прошлом являлись какими-либо привычными предметами. Попадая в аномалию, предметы приобретают уникальные свойства, например, если человек или животное попадают в аномалию «Карусель», из их тел могут получиться артефакты «Кровь Камня», «Ломоть Мяса» или «Душа» (поднимают у людей уровень регенерации клеток). 
Сорвиголовы, желая быстро заработать, начали проникать на территорию Зоны, дабы добыть ценный артефакт и продать его учёным. Таких людей прозвали сталкерами. 
Действие игры 
Пролог 
События начинаются в мае 2012 года по игровой хронологии. Во время ночной грозы из-за попадания молнии разбивается грузовик, перевозящий тела людей. Утром случайный сталкер обследует обломки и находит единственного выжившего — главного героя. Желая помочь и получить награду, сталкер относит его местному торговцу Сидоровичу. Тот обнаруживает у главного героя татуировку «S.T.A.L.K.E.R.» и КПК с единственной записью: «Убить Стрелка». Спасённый не помнит своего имени и прошлого, поэтому Сидорович нарекает его Меченым, из-за татуировки на руке. 
Выясняется, что Меченый был пассажиром Грузовика смерти, так сталкеры называют грузовые автомобили, периодически появляющиеся предположительно из центра Зоны, и кроме Меченого в них ещё никого не находили живым. 
Документы военных 
За спасение Сидорович требует плату — выполнение пары своих заданий, взамен он обещает найти информацию о Стрелке. Игроку предстоит найти посыльного торговца и забрать у него флешку с информацией. Он находится в плену у бандитов, откуда его и освобождают. Попутно главный герой может выполнить некоторые задания второстепенных персонажей. Одновременно Сидорович по своим каналам находит информацию о Стрелке. Выясняется, что он единственный сталкер, которому удалось попасть в центр Зоны, где, якобы, находится «Клондайк артефактов». Сидорович вместе с другими торговцами уже давно ищет туда дорогу, и Стрелок может быть ключом к этим поискам. По данным разведчиков, в бывшем НИИ Агропром военные нашли некие документы, торговец поручает Меченому добыть их. Также он даёт наводку на Лиса, сталкера имевшего информацию о Стрелке. При встрече Лис не оправдывает ожиданий, о Стрелке знает немного, и направляет героя к своему брату Серому на Свалке. 
На Свалке, поучаствовав в разборках с бандитами, Меченый находит Серого. Тот рассказывает про диггера Крота, нашедшего в туннелях под Агропромом тайник группы Стрелка. Крот должен находиться в заброшенном заводе при НИИ. При подходе героя к нему, туда высаживается военный десант. Меченый помогает сталкерам отбить атаку. Однако военные высылают спецназ, и Крот выводит людей в безопасное место. Там он рассказывает о катакомбах и тайнике. Далее перед игроком встаёт выбор: он может пробраться на базу военных в НИИ через катакомбы, заодно найти тайник Стрелка, или пройти туда по поверхности. В тайнике Меченый узнаёт о группе Стрелка. Один из её членов, Клык, погиб. Другой, Призрак, возможно, может многое прояснить о Стрелке. Также упоминается некий общий друг, но имени его не называется. 
Меченый крадёт документы, связавшийся с ним Сидорович велит отнести их к Бармену — торговцу на заводе Росток. По его просьбе бойцы Долга пропускают Меченого в Бар. 
Лаборатория Х-18 
В найденных документах раскрывалась истинная деятельность НИИ Агропром, а также упоминалась некая лаборатория Х-16. Бармен предполагает её местонахождение в Тёмной долине и у него есть один из двух ключей от неё. Второй находится у главаря бандитов Борова. Меченому предстаёт достать второй ключ и найти документы в лаборатории. В баре он также может многое узнать о Стрелке и его группе. Попав в Тёмную долину, Меченый убивает Борова, проникает в лабораторию и находит документы. 
Во время поиска Меченый убивает огненного полтергейста, энергетический всплеск на время отключает его. В бессознательном состоянии Меченый видит сон: 
Громада Чернобыльской станции в полумраке. Все выглядит мирно. Появляется одинокий человек. Я вижу его со спины на фоне станции. Начинает дуть ветер. Внезапно море крыс начинает разбегаются от станции в разные стороны. Человек, стоит ко мне спиной и стреляет в крыс. Вдруг раздается окрик: «Стрелок!». Человек вздрагивает, застывает на мгновение и медленно начинает поворачиваться ко мне, но…за миг до того как я увидел бы его лицо, я проснулся..что значит этот сон? не знаю..Но мне кажется это то, что я когда то видел. 
Одновременно в Тёмную долину высаживается армейский спецназ и перекрывает проходы на Свалку. Сидорович, связавшись с Меченым, велит уходить через Кордон. Там игрок может защитить деревню новичков от притязаний Наёмников и выполнить задание для Сидоровича. 
Лаборатория Х-16 
По приходу игрока в Бар, Бармен изучает документы и узнаёт, что Выжигатель мозгов рукотворен, также упоминается лаборатория Х-16. Ему известно ещё одно место с похожими на Выжигатель свойствами. Старый завод на озере Янтарь давно пользуется дурной славой. Меченому предстоит попасть в лабораторию Х-16 и найти нужную информацию. Неподалёку расположилась мобильная лаборатория учёных, они могут оказать помощь, и там же должен находиться Призрак. 
Попутно на Дикой территории игрок может помочь учёным отбить атаку Наёмников на их вертолёт и вывести профессора Круглова к Янтарю. По приходу на Янтарь, Меченый отправляется к учёным. Их глава Сахаров рассказывает о разработке устройства защиты от пси-излучения, но оно требует настройки. С Кругловым или с Семёновым, если Круглов погибает до этого, Меченый отправляется делать замеры, после этого получает прототип. 
Также Сахаров говорит что им давно известно о лаборатории. За неделю до этого Призрак и их сотрудник Васильев, который занимался ей, отправились на поиски, через несколько часов излучение временно пропало, а ещё через час поступил сигнал с болот от Васильева. По всей видимости он мёртв. Васильев имел информацию о местоположении лаборатории. Меченый отправляется на его поиски. Найдя тело и узнав местоположение лаборатории, он проникает внутрь и отключает установку, представляющую гигантский мозг. 
Меченый теряет сознание и видит второй сон: 
Фотография. Ее держит седой человек, у его ног вертится огромный пес. Человек смотрит в даль, но вокруг лишь болота и пейзаж совсем не похож на то что изображено на фотографии. В тумане едва можно разглядеть удаляющуюся фигуру. Человек бормочет, словно беседует сам с собой: «Если это так важно, то почему ты мне так толком и не объяснил, что это за место и откуда у тебя эта фотография»… потом…я вижу со стороны молодого улыбающегося парня на пороге хижины который весело объявляет: «Если бы ты знал, где мне удалось побывать и что я там видел!» Он протягивает какую-то удивительную штуковину от которой разливается сияние по хижине. Пес начинает рычать и забивается в угол, а седой человек бормочет: "Ты когда-нибудь доиграешься. …вспышка… вот тот же парень с ужасно изуродованным окровавленным лицом вваливается в двери хижины и падает на пороге…За дверью бьют молнии, хлещет ливень …вспышка… Кровать в избушке — на нем лежит тот же парень но лицо у него- все в шрамах и бинтах. Парень без сознания, а седой человек бормочет: «Держись сынок…» В углу свалены вещи и среди них эта странная фотография…вспышка…фотография в руках седого. Человек со шрамами на лице собирается уходить. Седой спрашивает его: «Куда ты теперь?» следует мрачный ответ «На север» вспышка… 
Очнувшись, Меченый встречается с Контролёром и находит тело Призрака с нужными документами. Он является тем человеком, чья фотография приложена к заданию убить Стрелка, герой понимает, что произошла какая-то ошибка. В голосовой записи Призрака говорится о Докторе — том самом общем друге и о Проводнике, знающего об его местоположении. Меченый выбирается из лаборатории по тоннелям и отправляется в Бар, в это время военные зачищают территорию завода с воздуха. 
Отключение Выжигателя мозгов 
Бармен, изучив документы, поручает Меченому, имеющего пси-защиту, проникнуть в лабораторию Х-10 под антеннами Выжигателя и отключить его. Он также договорился с руководством Долга о доступе на их базу, где становятся доступными несколько заданий. Путь к Радару лежит через Армейские склады — последнюю обжитую территорию Зоны. Здесь игрок может поучаствовать в локальной войне Долга и Свободы, защитить Барьер и посетить деревню кровососов. 
Вся локация Радар контролируется группировкой Монолит. На всём пути к лаборатории на героя будет воздействовать сильное пси-излучение, мир потеряет краски и станет серо-коричневым. Попутно его будут атаковать фанатики, зомби и фантомные образования. Можно сократить путь и пройти через мёртвый лес, где водятся практически все существа Зоны. 
Попав в лабораторию, Меченый отключает установку и видит очередной сон: 
Опять громада Чернобыльской станции и саркофага. Потом Вспышка. Сияющий Монолит, внутри саркофага. Я понимаю, что это и есть Исполнитель Желаний. Сталкер, оборванный и изможденный, из последних сил протягивает к нему дрожащие руки…яркая вспышка и я опять вижу отрывок из первого сна…Человек, стоит к нам спиной и стреляет. Вдруг раздается окрик: «Стрелок!». Человек вздрагивает, застывает на мгновение и медленно начинает поворачиваться…но как кинолента, пущенная в обратную сторону, прокручиваются кадры, как он автоматом загоняет крыс обратно на станцию…Я понимаю одно — я был там. Я должен идти к Монолиту. 
Очнувшись, он слышит зов Монолита в голове. На обратном пути ему приходиться преодолевать сопротивление монолитовцев и военных. Вышедший на связь Бармен сообщает о крупномасштабном прорыве к центру Зоны, на окраине Припяти Меченого будет ждать отряд сталкеров. На пути туда Меченый становится свидетелем столкновения Свободы и Долга. 
Условие истинных концовок 
С момента обнаружения Призрака до перехода на ЧАЭС, игрок может отправиться на Кордон, где находится Проводник. Тот указывает местонахождение Доктора — тайник Стрелка. При встрече Доктор рассказывает о том, что Меченый и есть Стрелок и предостерегает от приближения к Монолиту. Также он даёт наводку на тайник в Припяти, где спрятан декодер от некой двери, обнаруженной Стрелком во время предыдущих походов. Этот эпизод является условием выполнения истинных концовок. 
Прорыв в центр Зоны 
В Припяти, Меченый с отрядом ветеранов пробивается к центру города, далее идёт один. Если он узнал о своём прошлом, то находит тайник в номере 26 гостиницы — декодер, способный открыть секретную дверь в саркофаге. 
Попав на территорию ЧАЭС, Меченый сталкивается с военными, ведущих штурм станции, отрядами Монолита и огромными аномалиями. В процессе движения, военные по рации объявляют о приближающемся выбросе, начинается обратный отсчёт до его начала. Меченый успевает пробраться под саркофаг станции. Внутри саркофага его зовёт к себе Монолит, этому препятствуют фанатики-ветераны. 
Перед игроком встаёт выбор: отправиться по зову к Исполнителю желаний или искать дверь, ведущую к тайнам Зоны. Если игрок избрал первый путь, Меченый находит Монолит и загадывает желание, далее идут ложные концовки, в ходе которых герой погибает: 
Концовки с участием Исполнителя желаний 
Достижение той или иной концовки определяется выбором и выполнением (либо невыполнением) различных заданий, а также некоторыми показателями игрока (количество денег, рейтинг-репутация). 
«Власть» — хочет иметь власть над всем, и его душа уходит в монолит. 
Условие: убить лидеров группировок «Свобода» и «Долг» Лукаша и генерала Воронина. 
«Богатство» — с крыши сыпятся гайки (сталкер, обманутый Монолитом, принимает их за золотые монеты), а затем рушится крыша (сталкер этого уже не видит). В результате герой остаётся под завалом обломков крыши. 
Условие: игрок накопил много денег, больше 50 тысяч рублей, при этом лидеры группировок живы. 
«Апокалипсис» — загадывает, чтобы человечество исчезло, так как само этого заслужило. Окружающий мир исчезает в темноте после серии галлюцинаций. 
Условие: очень низкая репутация — меньше 1000 (много убитых сталкеров), денег меньше 50 тысяч рублей. 
«Чтобы зона исчезла» — загадывает, чтобы зона исчезла — показывают цветущий окружающий мир, но это иллюзия, герой слепнет. 
Условие: хорошая репутация, убить много монстров, денег меньше 50 тысяч рублей, лидеры группировок живы. 
«Бессмертие» — превращается в замороженную статую. 
Условие: Много аптечек, бинтов и артефактов на увеличение здоровья, денег меньше 50 тысяч рублей, лидеры группировок живы. 
Концовки с участием О-Сознания 
Если игрок выполнил условия концовок с участием О-Сознания, то попадает к запертой двери, которую открывает декодер. За ней, под мощной охраной, находится установка управления Монолита, который на деле является лишь голограммой, уничтожив которую Меченный-Стрелок вызвал сбой в системе. Сбой вызвал голографического представителя О-Сознания, ответившего на вопросы Стрелка. 
О-Сознание — группа учёных, поставивших цель соединиться с Ноосферой и попытаться управлять ей. Эта попытка не удалась, произошёл пробой и энергия Ноосферы прорвалась на Землю, образовалась Зона. Для обеспечения своей безопасности, О-Сознание использовало пси-установки. Все кто пытается пройти к центру Зоны попадает под их влияние, а затем проходят кодировку по программе S.T.A.L.K.E.R. на выполнение определённых задач. Всех закодированных вывозят на автомобилях к границам Зоны. После одного из походов, Стрелок стал опасен для О-Сознание и все агенты получили задание на его убийство. Из-за невыясненной ошибки Стрелок сам оказался среди таких агентов. Из-за высокой аномальной активности и уровня радиации при транспортировке большая часть агентов погибает. 
На вопрос Стрелка: «Что дальше?», представитель предоставляет выбор: уничтожить О-Сознание и ввергнуть будущее в неизвестность, либо присоединиться к проекту и попытаться сдержать натиск Зоны. 
Присоединение к группе О-сознание — Стрелок ложится в капсулу, к его телу прикрепляются датчики. Капсула закрывается. Далее идёт сцена с Доктором, где он рассуждает о возможной судьбе Стрелка. 
В случае отказа О-Сознание просит Стрелка идти на сигнал для «личной встречи». Стрелок начинает движение по надземным коммуникациям и блокам станции через систему телепортов к конечной цели. После выброса на поверхности земли сохраняется смертельный радиационный фон. Продвижению мешают отряды Монолита и колебания земли. По достижении цели наступает истинная концовка, поддержанная разработчиками в продолжении игры: 
«Мир на земле» — Стрелок попадает в помещение с капсулами, в которых покоятся тела участников проекта О-сознание, и расстреливает их. Сцена сменяется, сквозь густые тучи пробивается солнечный свет, небо становится ясным. Показывают здоровый мир, полный зелени, слышится пение птиц. Стрелок осматривается, после чего ложится на землю в траву, одновременно рассуждая о правильности своего поступка. Он поворачивается набок и видит стрекозу. Стрекоза взлетает, замирает на мгновение над лежащим Стрелком и улетает… 
Игровой мир

Основная статья: Игровой мир S.T.A.L.K.E.R. 

Локации

Перестрелка с бандитами на АТП, локация Кордон 

Кордон 
Здесь начинается действие игры. Кордон — своего рода «предбанник» Зоны, дорога в её глубины. В основном здесь собираются новички или сталкеры, вернувшиеся из глубокого рейда. Совсем недалеко Периметр — граница зоны. В единственной заброшенной деревне расположен лагерь, где опытные сталкеры натаскивают «зелёных» напарников. В начале игры в лагере главный сталкер по кличке Волк, затем он уходит в рейд (его, живого или мертвого, можно встретить на локации «Армейские склады»), командиром новичков становится Фанат. Неподалёку располагается бункер, где живёт торговец Сидорович. Из примечательных мест, кроме вышеперечисленных, можно отметить лишь старое АТП, где сталкеры регулярно выясняют отношения с бандитами, военную заставу и аванпост военных у железнодорожного моста. Также можно найти перевернувшийся грузовик, который показан в начальном ролике. На равнинах Кордона обитают небольшие стаи слепых псов, стада плотей и кабанов. Радиационный фон в целом нормальный, однако в некоторых местах (железнодорожная насыпь, опрокинутый грузовик) можно напороться на очаги повышенной радиации. Изредка встречаются недорогие артефакты. Из группировок встречаются: одиночки, бандиты, военные. В одном из эпизодов локацию посещают наёмники. 

Свалка 
Следующая после Кордона территория, перекрёсток дорог между многими локациями. Место захоронения заражённой техники после аварии 1986 года. На юго-востоке расположен небольшой лесок, переходящий в небольшое болото. На востоке сильно радиоактивная низменность, место обитания кабанов. В центре локации находится железнодорожное депо, предмет постоянных притязаний бандитов. Новички и уставшие сталкеры подвергаются постоянным их нападениям. Радиационный фон повышен на значительной территории, особенно на кладбище техники и кучах радиоактивного мусора, однако в них можно найти много недорогих артефактов. По мере прохождения игры локацию заселяют стаи псевдособак. Из группировок встречаются: одиночки, бандиты, Долг (блокпост около перехода на локацию Бар). 

НИИ «Агропром» 
Территория бывшего института, за которую постоянно борются одиночки, бандиты. Определенный интерес к заброшенному институту проявляют военные. На западе расположен небольшой пруд, засоренный остатками техники. На юге в роще обитают матёрые кабаны, на равнинах псевдособаки. Радиационный фон заметно повышен на некоторых территориях. В аномальных зонах можно найти большое количество недорогих артефактов, встречаются и неплохие экземпляры. Из группировок встречаются: военные, бандиты, одиночки. По мере прохождения на территории начинают встречаться кровососы. 

Подземелье НИИ «Агропром» 
Небольшой лабиринт под землёй, остаток бывшего исследовательского комплекса. В его туннелях находится тайник Стрелка. У выхода на поверхность обосновались бандиты. Радиационный фон в пределах нормы, однако повсеместно встречаются аномалии типа «Холодец» и «Электра». Из монстров встречаются контролёр и кровососы. В подземельях находятся бандиты и военные. 

Тёмная Долина 
Странное место. Здесь довольно тихо, однако заброшенные здания в Долине облюбовали бандиты под предводительством Борова. Радиационная обстановка в целом нормальная, хотя в отдельных местах сильно «фонит». Весьма много разнообразных аномалий. Внимательный игрок имеет шанс найти здесь дорогие и полезные артефакты. У перехода на Кордон группа одиночек-мошенников (пытаются обмануть игрока, подбивая купить «Гаусс-пушку» за небольшую сумму) заняла заброшенные свинарники. Повсеместно встречаются кабаны и плоти, на равнине к востоку можно встретить уникальную особь кровососа, которая не боится дневного света. Из группировок встречаются: бандиты, Долг, одиночки, военные. 

Лаборатория X-18 
Одна из нескольких подземных лабораторий. Из аномалий встречаются «Жарка», «Комета», «Воронка», «Холодец». Людей нет (лишь несколько военных-спецназовцев преграждают обратный путь наверх), а вот монстров достаточно: пара снорков, несколько полтергейстов и псевдогигант. Радиационный фон нормальный. 

Бар 
Часть заброшенного завода «Росток», контролируемая Долгом. Это, в некотором роде, «оазис» Зоны, безопасное место без аномалий и мутантов, где можно спокойно отдохнуть, закупить снаряжение или получить новые задания. Здесь расположена тщательно охраняемая база Долга. Кроме того, имеется «Арена», где можно поучаствовать в боях и заработать немалые деньги. Ну и наконец, здесь расположен собственно бар с ироничным названием «100 рентген». В баре заправляет торговец — Бармен, который даст игроку большое количество заданий. Также в баре есть осведомитель, у которого можно купить информацию и также получить задание. Из группировок встречаются одиночки и Долг. 

Дикая Территория 
Северная часть завода «Росток»; по всей видимости, что-то вроде заводской железнодорожной станции. На западе после входа на локацию расположен лагерь наёмников, настроенных к игроку враждебно. Из аномалий встречаются «Жарка», «Холодец», «Электра»; «Жаркой» образованы почти все местные артефакты. Радиационный фон значительно повышен внутри ряда сооружений. Здесь обитают разнообразные монстры (снорки, кровососы, слепые и псевдособаки, тушканы, зомби), что оправдывает её название. В туннеле возле разбитого вертолета лежит труп Гордона Фримена и модифицированный пистолет. Группировки, встречающиеся здесь — это прежде всего наемники, а также ученые, одиночки и Долг, в отдельные моменты игры можно увидеть и бандитов. 

Янтарь 
Также заброшенный завод и его окрестности. На дне пересохшего озера располагается небольшой мобильный лагерь учёных. Значительная часть территории находится под интенсивным пси-излучением, и по всей территории бродят агрессивные зомби и снорки. Аномалии и открыто лежащие артефакты почти не встречаются. При подъёме на холмы есть риск оказаться в зоне повышенной радиации. Из монстров встречаются зомби, снорки, псевдогигант. Группировки: ученые, после прохождения Х-16 — Долг, одиночки. 

Лаборатория X-16 
Секретная лаборатория под заброшенным заводом «Янтарь». Здесь находится установка в виде огромного мозга в ёмкости, генерирующая пси-поле. Встречается большое количество зомбированных сталкеров и несколько сильных мутантов. 
Армейские склады 
Окрестности заброшенного военного склада. На востоке, на самом складе, расположена база Свободы. На хуторе возле дороги на Бар расположился отряд Долга. На западе в низине расположена заброшенная деревня, в которой обитает стая кровососов и контроллер. На северо-западе расположен небольшой аванпост наемников. На северо-востоке есть небольшое болотце, окруженное минным полем. Примечательно оно тем, что здесь, в маленькой хижине, живет умалишенный «свободовец». На севере, возле дороги к «Выжигателю мозгов» расположена «свободовская» застава «Барьер», постоянно атакуемая с Радара отрядами Монолита и стаями собак во главе псевдособаки. Также на восток от деревни расположен небольшой лагерь одиночек. Группировки: Свобода, Долг, Монолит, одиночки, наемники. 

Радар 
Мертвый лес и окрестности брошенной военной РЛС. Вся локация накрыта мощным пси-полем, пока игрок не отключит пресловутый «Выжигатель». Дорогу к бункеру — центру управления излучателем прикрывают многочисленные и неплохо вооруженные отряды «монолитовцев». Много аномалий, сильное ионизирующее излучение, особенно возле автомобилей и других металлических конструкций. В Мертвом лесу много зомби, снорков, кровососов и единственная пси-собака. Группировки: Монолит, а после отключения «Выжигателя» сюда хлынут одиночки, передовые отряды Свободы, Долга и подразделения армейского спецназа. 
Лаборатория X-10 
Поистине страшное место. Тут сыро и царит полумрак — излюбленное место кровососов, коих здесь несколько особей. Где-то здесь находится аварийный выключатель «радара», однако найти его в мрачных лабиринтах лаборатории не так-то просто. После отключения установки по тревоге прибывает большой отряд монолитовцев. 
Припять 
Город сделан по снимкам реальной Припяти, многие места хорошо проработаны. Полностью воссоздан ансамбль зданий в центре города, имеются и другие объекты, но однако их расположение отличается от реальности. Сам город в игре гораздо меньше и находится строго южнее ЧАЭС, тогда как в жизни он северо-западнее. Припять относится к центру Зоны, а следовательно, из людей там остались только «монолитовцы». В ней неблагоприятный радиационный фон, много аномалий и присутствуют артефакты. Мутантов на улицах практически нет. Из группировок встречаются: одиночки, Долг, Свобода, военные сталкеры (участвуют в штурме), Монолит. 

ЧАЭС (подход к станции)

Из винтореза убит последний сталкер группировки «Монолит» перед входом в финальный телепорт, после чего следует вторая истинная концовка 
Архитектура практически полностью соответствует реальности. При достижении локации, возврат назад невозможен. На подходе к станции игрок сталкивается с прорывающимися к саркофагу военными. После прохода за ворота начинается отсчёт времени до выброса, за которое игрок обязан добежать вдоль турбинного зала к входу в саркофаг. Здесь придётся столкнуться с крупными силами военных и Монолита. 
Саркофаг 
Через люк игрок проникает внутрь саркофага. Здесь темно и царит тишина, Периодически раздается мощный голос Монолита, который зовет Сталкера словами: «Твой путь завершается, иди ко мне…». Здесь прячутся сектанты Монолита в экзоскелетах, поэтому придется применить большие усилия. В секретном помещении под реактором можно достать патроны и экзоскелет, однако радиация в этом месте очень высокая. Пройдя к Монолиту, можно обнаружить одну из пяти так называемых «ложных» концовок. 
Управление Монолитом 
Извилистый коридор заканчивающийся комнатой с установкой управления пси-установкой Монолит. Охраняется усиленными отрядами группировки Монолит. 
ЧАЭС (открытое пространство) 
Северная часть 3-го и 4-го блоков ЧАЭС. Здесь расположен саркофаг над разрушенным реактором, основные коммуникации станции и работающие генераторы Зоны. Почти все объекты достоверно воссозданы с фотографий. На поверхности земли смертельный радиационный фон, продвижение возможно по надземным трубопроводам через систему телепортов. Этому активно мешают члены группировки Монолит. После прохода игрока через все телепорты наступает вторая «истинная» концовка игры. 
Вырезанные локации

Ранги

В S.T.A.L.K.E.R. для главного героя и NPC действует 4-х ранговая система. Ранг определяет точность прицеливания, устойчивость персонажа к повреждениям и другие характеристики. Его повышение в игре зависит от количества выполненных и проваленных заданий, количества убитых сталкеров и мутантов. Данные о ранге игрока и NPC можно увидеть в КПК. 
Новичок 
Сталкеры новички и бандиты с этим рангом одеты в простые кожаные куртки и бандитские куртки со вшитыми броневыми элементами. Вооружены, как правило, пистолетом или обрезом, реже — пистолетом-пулемётом. Военные новички — рядовые одеты в простой бронежилет и носят на голове бандану. Стреляют очень плохо. Часто не замечают под ногами аномалии и погибают в них. 
Опытный 
Опытные персонажи надевают на себя сталкерский комбинезон или комбинезон группировки («Долг», «Свобода», «Монолит», наёмники), если сталкер в ней состоит. Большинство вооружено автоматическим оружием, исключение могут составлять уникальные персонажи. Стреляют на порядок лучше новичков. Реакция на аномалии и мутантов гораздо лучше. 
Ветеран 
NPC с рангом «Ветеран» обычно одеты в комбинезон «СЕВА» или в усовершенство